Władze Stowarzyszenia wybierane są na walnych Zebraniach Członków, które odbywają się co cztery lata.
Walne Zebranie Członków 27.01.1996 uchwaliło nieznaczne zmiany w Statucie Stowarzyszenia, z których najistotniejsze było określenie zadań organizacji, wprowadzenie prawa dokooptowywania członków zarządu i komisji rewizyjnej oraz powołanie prezydium zarządu. Statut ze zmianami został zatwierdzony postanowieniem Sądu Wojewódzkiego Wydział VII Cywilny i Rejestrowy w Warszawie dnia 18.12.96, po której to dacie możliwe było powołanie trzech nowych członków zarządu. Dokooptowano dziennikarza W. Nowowiejskiego, znanego działacza harcerskiego J. Szulskiego i rutynowanego organizatora konferencji i zjazdów naukowych dr K. Maya. Było to poważne wsparcie zespołu organizującego Zjazd Wychowanków w 1998 r. Wśród celów Stowarzyszenia na pierwszym miejscu postawiono „współdziałanie z Liceum Ogólnokształcącym im. Stefana Batorego w Warszawie, oraz udzielanie wszechstronnej opieki i pomocy Szkole, kształtowanie postaw młodzieży, wpajanie i rozwijanie patriotyzmu, szacunku dla wiedzy, pracy i prawdy”. Do najważniejszych środków działania zaliczono „łączność i współdziałanie z dyrekcją, radą pedagogiczną, komitetem rodzicielskim i samorządem uczniowskim Szkoły”.
W pracach Stowarzyszenia, zwłaszcza nad przygotowaniem Zjazdu w 1998 roku, poza członkami Zarządu, brali aktywny udział także inni koledzy, jak Alicja Strojnowska, pracująca nad biogramami wychowanków z lat 1945-1975, Andrzej Miłkowski, sprawujący opiekę nad współpracą z 23 WDH, czy Maria Hornowska-Kink organizująca prace wydawnicze. Stowarzyszenie rozwijało się dość dynamicznie. Stan członków przedstawiał się następująco: 1992 – 226, 1993 – 332, 1994 – 382, 1995 – 496, 1996 – 512, 1997 – 610.
Na Zjazd Wychowanków w 1998 r. przygotowano takie pamiątki, jak:
- okolicznościowe znaczki batorackie,
- wstęp do biogramów wychowanków z lat powojennych,
- apaszki dla koleżanek i krawaty dla mężczyzn,
- informator „Nasz znak Batory”,
- najtrudniejsze wreszcie z punktu widzenia pracochłonności „Uzupełnienie – Suplement do monografii „Pochodem idziemy…”
W 1996 r. Stowarzyszenie ufundowało galerię portretów dyrektorów Szkoły zainstalowaną w hallu głównym na parterze.
Wszystkie pokrótce wymienione prace i działania wymagały zabezpieczenia strony finansowej. Zapewniono je dzięki nadzwyczaj niskim wydatkom administracyjnym (ok. 130 zł miesięcznie), wszyscy bowiem zaangażowani w prace Stowarzyszenia pełnili je honorowo, bez jakiegokolwiek wynagrodzenia. Wszystkie środki płynące ze składek członkowskich, sprzedaży pamiątek, darowizn przeznaczono na cele przewidziane w statucie, których realizację przedstawiono powyżej.
W okresie od 1998 r. do 2003 r. Stowarzyszenie organizowało tradycyjne spotkania z okazji Świąt Bożego Narodzenie i Wielkiej Nocy, jak również czynnie uczestniczyło w corocznych obchodach Święta Szkoły. Podczas tej uroczystości wręczano nagrody Stowarzyszenia najlepszym uczniom, a absolwentom sprzed 50-ciu lat pamiątkowe dyplomy. Prelegenci ze Stowarzyszenia prowadzili pogadanki w pierwszych klasach o historii, tradycjach Szkoły i własnych przeżyciach w czasie pobytu w Szkole. Prace organizacyjne związane ze Zjazdem w roku 2003 prowadzone były przez wszystkich członków Zarządu Stowarzyszenia. Kierował nimi i odpowiedzialnym za organizację był kol. Jerzy Kieli (r.m. 1949). Specjalne przedzjazdowe wydanie „Głosu Batoraków” opracował kol. Kazimierz May. Na Zjazd przygotowano drugie poprawione i uzupełnione wydanie „Pochodem idziemy” oraz krawaty batorackie i znaczki okolicznościowe.
Z okazji Zjazdu na 85-cio lecie Szkoły Stowarzyszenie ufundowało tablicę upamiętniającą powołanie Szkoły do życia, powstanie budynku Szkoły w latach 1922-1924 oraz Jej pierwszego Dyrektora.
Tablica ta stanowi kontynuację pozostawiania po kolejnych zjazdach trwałych pamiątek, zapoczątkowaną podjęciem w 1993 r. decyzji o budowie pomnika na grobie pierwszego Dyrektora Szkoły Zdzisława Rudzkiego w Cieszynie, którego poświęcenie nastąpiło 7 października 1995 r. oraz ufundowaniem w 1998 roku na 80-cio lecie sztandaru Szkoły.
W październiku 2004 r. odbyło się Walne Zebranie Członków Stowarzyszenia poświęcone wyborom Prezesa oraz Zarządu i Komisji Rewizyjnej. Wieloletni Prezes Stowarzyszenia Prof. Czesław Uhma zgłosił zdecydowanie swoją rezygnację z kandydowania do władz Stowarzyszenia. Za jego wkład w działalność Stowarzyszenia Walne Zebranie przyznało Prof. Czesławowi Uhmie dożywotnio tytuł Honorowego Prezesa Stowarzyszenia i Złotą Odznakę Stowarzyszenia. – zobacz pro memoriam
W wyniku przeprowadzonych tajnych wyborów nowym Prezesem Stowarzyszenia został kol. Bohdan Wiśniewski z rocznika maturalnego 1951. Wiceprezesami wybrano kol. Jadwigę Rosochacką i kol. Grzegorza Gałka. W skład Zarządu weszli ponadto koleżanki i koledzy:
- Jerzy Antepowicz,
- Jacek Czerwiński,
- Agnieszka Grabowska,
- Maria Hornowska-Kink,
- Małgorzata Sobczyk-Makowska,
- Andrzej Miłkowski,
- Agata Miśkowiec,
- Grzegorz Łukawski.
Ponadto dokooptowano do pracy w Zarządzie kol. Jacka Baranowskiego. W skład Komisji Rewizyjnej weszli:
- Kazimierz May,
- Marian Różalski,
- Zdzisław Sadłowski jako Przewodniczący Komisji.
Na zebraniu uchwalono, aby kadencja nowo wybranego Zarządu trwała ok. 2,5 roku, najpóźniej do połowy roku 2007, aby Zarząd wybrany na następną kadencję miał co najmniej jeden rok na przygotowanie w roku 2008 Zjazdu z okazji 90-cio lecia Szkoły.
W roku 2004 Stowarzyszenie podjęło trud ustawienia na wewnętrznym dziedzińcu Szkoły, za popiersiem Batorego, dwóch obelisków pochodzących z frontowych schodów cukierni Lardellego przy ul. Polnej w dzielnicy niemieckiej, na których nasz kolega z rocznika maturalnego 1939 Alek Dawidowski namalował w 1943 roku znaki Polski Walczącej tzw. „kotwice”. Uroczyste odsłonięcie tych obelisków nastąpiło w dniu „Święta Szkoły” obchodzonego w tym roku 25 września.
Ponadto Stowarzyszenie wydało w nakładzie 200 egzemplarzy pracę dwóch naszych absolwentek z rocznika 2004 pt. „Wadzić się – rzecz ludzka” opisującą różne momenty z życia naszej Szkoły, budzące niejednokrotnie wiele sporów i kontrowersji.